灵芝菌种的选择是灵芝生产的基础。选用良种是夺取灵芝优质高产的首要环节。一是菌种的遗传性状要好，二是菌种繁育的质量要好。目前生产上普遍使用的有信州和南韩，表现为适应性广，稳定性好，抗杂抗污能力强；芝大形好，一级品率高，产量也高等特点，是龙泉灵芝栽培的理想品种。另外还有801、日本二号、植保六号、台湾一号、云南四号等。除了选择优良菌种外，在培养灵芝的三级菌种中，都要严格把关，注意合理配料，繁育好洁白粗壮、生活力强的适龄菌种，为灵芝的优质高产打下一个坚实的基础。

   灵芝菌种的选择跟灵芝的含量、灵芝的价格是起决定性作用的，所以这项初的重要工作必须要慎重做好，才能保证以后的事事顺利。